银翼的奇术师里，柯南将展现他的智勇双全，除了开场解开怪盗基德飞舞的26个英文字母预告信，更在飞机上面临推理小说最高境界密室杀人手法，至于向亚森罗苹致敬的角色怪盗基德，本集也会与柯南联手出击，再展现两人亦敌亦友的关系。 某天，毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委托。委托内容是牧树里收到怪盗基德预告信，信中指出怪盗基德将在舞台上夺取牧树里佩带的蓝宝石戒指「命运的宝石」。 于是毛利小五郎接受保护宝石的工作，依据毛利小五郎的推理，基德将在演出的最后一天前来盗取这颗无价的宝石。在演出的最后一天，毛利小五郎、小兰和柯南受邀观赏舞台剧，在剧场里错综复杂的人群中，基德到底会假扮成谁出现在大家面前？在紧张的埋伏等候中，出现在大家面前的竟然是mdash;mdash;工藤新一！？ 柯南一方面必须保护宝石，另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一，因为拆穿基德就等于公开自己身体缩小的秘密。柯南只好盯紧假的工藤新一，一刻都不能松懈。就在舞台剧即将落幕之前，柯南发现假的工藤新一不见了，随即追上，但却在一片混乱之中来是让基德逃脱了。 不过，「命运的宝石」终究是保护住了，牧树里为了表示感谢，邀请毛利侦探前往北海道函馆的别墅度假，同行的还有一同演出的其它演员。就在大家都搭上飞机前往函馆的机舱里，一幕精心设计的杀人剧目就在大家面前实际上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中，又要解开发生在飞机上的密室杀人事件，到底柯南要怎么行动？
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